L'enjeu philosophique du symbolisme de l'hermaphrodite est tout entier présent dans un aphorisme de l'alchimiste Heinrich C. Khunrath : « De l'Un grossier et impur naît un Un extrêmement pur et subtil. » L'hermaphrodite symbolise le processus de métamorphose de la conscience qui sous-tend cette naissance de l'Un véritable.
 
    Mythologiquement, l'hermaphrodite est l'enfant d'Hermès et d'Aphrodite. Il réalise l'énigme de la conjonction du dieu de la science initiatique (Thot, Hermès, Trismégiste, Mercurius) et de la déesse de l'apparaître et de la beauté (Aphrodite, mais tout autant Ishtar, Astarté). L'hermaphrodite conjoint la connaissance sacrée (gnose) et le mystère de l'amour (éros, caritas, agapè), il croise les dimensions de transcendance et d'immanence. C'est comme tel qu'il était appelé par les alchimistes médiévaux « fils des philosophes », symbolisé par le « rebis » ou « chose double ».
 
    Il revient à Carl Gustav Jung d'avoir dégagé dans ce symbolisme une dimension de coïncidence des contraires qui répondrait adéquatement à une exigence naturelle de réalisation de soi du psychisme humain. Entre le « temps des origines » et la « fin des temps », toute vie humaine se déploie selon un processus épigénétique de différenciation des sexes biologiques, psychiques et archétypiques, de leur intégration cognitive et affective dans la vie consciente, et de leur réintégration dans une unité supérieure de conscience. C'est ce processus que poursuivait l'alchimie ; c'est lui que décrivent et accomplissent les voies spirituelles de libération des opposés. Il ne faut pas voir l'hermaphrodite comme le symbole d'un but à atteindre - où se réaliserait une prise de conscience décisive et définitive. Mieux vaut le comprendre comme un effort autoréflexif de réalisation de soi dans l'univers conflictuel de la « dualitude » (H. Corbin). L'« œuvre hermaphrodite » s'accomplit entre quatre actants mythiques : Sol et Luna, deux figures, respectivement masculine et féminine, bien tranchées selon l'axe horizontal de la conscience ; Hermès et Aphrodite, deux divinités traditionnellement androgynes, tout à la fois clivées et réunies selon l'axe vertical. Le premier couple symbolique déploie une dimension proprement humaine de la sexualité, le second initie à une dimension hiérogamique de l'amour humain et à une transgression sacrée de l'inceste (cf. P. Solié, La Femme essentielle). Cette quaternité fait éclater le cercle indifférencié de l'androgyne originel et empêche la régression biologique en son sein - ainsi que, par exemple, Platon le montre dans le discours d'Aristophane du Banquet.
 
    Schématiquement, l'« œuvre hermaphrodite » s'accomplit en trois étapes majeures :
 
    La phase de séparation ou « voie du serpent ». À la confusion initiale (le chaos) et à l'état d'« unitude » androgyne (l'ouroboros) succèdent une lente prise de conscience de la dynamique des opposés et une mise en forme patiente de leurs polarités. C'est la nigredo ou « œuvre au noir » de l'alchimie, la naissance de la dyade originaire suivant les pythagoriciens. L'aspect matière et l'aspect forme se dédoublent et divergent, déchirant la réalité physique, la vie et l'esprit. Les quatre éléments sont séparés et hiérarchisés. Dans les images alchimiques de la separatio, une colombe (l'oiseau d'Aphrodite) s'échappe du résultat de ce labeur. Toute cette partie de l'œuvre se place sous la symbolique d'Hermès (ithyphallique et psychopompe). Il s'agit de voir en toute chose, en tout être, en toute pensée, la copulation de deux serpents, mâle et femelle (comme lors de la vision de Tirésias), puis de répéter le geste hermétique par excellence, qui consiste en leur mise en ordre selon le symbolisme du caducée. Le serpent est universellement le séparateur (diabolos, diaballein : désunir, séparer). C'est une phase dangereuse de trouble, de stagnation (la putrefactio des alchimistes) et de mort à soi-même. Elle exige une désintégration plus ou moins forte de la conscience « diurne », un abaissement de sa clarté, provoquant l'émergence mentale de contenus inconscients et l'activation d'archétypes.
 
    La phase d'unification ou « voie du miroir ». C'est la phase de conjonction qui suit la disjonction. Dans Le Banquet, Platon pense comme symbolè (réunion en deux parties complémentaires) la recollection amoureuse des moitiés et quarts disjoints des androgynes. En ce sens étymologique, l'intégration psychique de la différence des sexes est « symbolique ». C'est l'albedo ou « œuvre au blanc » de l'alchimie, suivie de l'« œuvre au jaune » ou citrinitas. Dans un premier temps (correspondant à l'épistrophè néo-platonicienne), la conscience accède à la confluence où se réunissent le monde crépusculaire et sublunaire d'Hermès et le monde auroral, de la grâce et de la spontanéité créatrice d'Aphrodite. L'âme se met à vivre non plus dans la pesanteur de la Terre, mais portée par la légèreté de l'esprit. Elle perd son identification à la réalité phénoménale. Puis, dans un second temps, la conscience découvre sa double ouverture latérale et la condition archétypique de la « dualitude » homme-femme (chiasme anima-animus selon Jung). Phase de la « noce chymique », où la conscience s'éprouve et se reconnaît comme à la fois Sol et Luna, active et passive, connaissance intuitive et connaissance réfléchie.
 
    Enfin, la phase d'union, ou « voie des œuvres ». C'est la rubedo ou « œuvre au rouge » de l'alchimie. Moment de « ré-intégration » comme le définit Mircea Eliade, de restauration, par la conjonction du masculin et du féminin, de l'unité, d'ouverture au soi selon Jung. La conscience s'élève de la dimension parabolique de la contemplation noétique à la dimension hyperbolique de la communion supranoétique. Ouverte au monde fécond de l'« Aphrodite céleste » (Plotin), la conscience opère, par-delà toute polarité masculin-féminin, une métanoia. Le passage à travers le miroir de l'être qu'est l'ego ouvre la conscience à la dimension proprement spirituelle ou pneumatique d'Éros. La « voie de l'hermaphrodite » se révèle une mystique de l'unité, telle que la célèbre le discours de Diotima dans Le Banquet - révélation majeure de l'Unus mundus médiéval, de l'Atman-Brahman védique, du « Cela est ! » de Parménide, de l'Un où, selon Plotin, fusionnent « l'aimable, l'amour en soi et l'amour de soi » (Ennéades, VI, 8, )